На самом деле в пифосах хранили именно вино. По сути, это бродильный чан. :)
Для зерна, масла, денег у греков были амфоры.

А бочка пришла из анекдота.
Вообще, Диоген Синопский – туманная личность. В точности о нём мало чего известно. Зато он был героем массы античных анекдотов.
Кстати, ряд историй о Диогене известны также в применении к Эзопу, Гераклиту, Демокриту, Архилоху и др.